То что касаестся первого вопроса, по поводу заголовков, то версия PureMessage для Exchange 2.6 Small Business Edition слишком проста в настройках, чтобы это корректно сделать. Для такой более сложной задачи я бы порекомендовал использовать PM для Exchange 3.0. В ней есть специальное окошко (Configuration -> System -> Email tagging), в котором это настраивается.
Писать ли что в x-header, или в поле Subject и так далее.
Теперь что касается писем с вирусами и спамом. Если PM детектирует, что там вирус, он пытается его вылечить и ложет письмо в карантин. Администратор потом может решить, что с этим письмом делать, вырезать с него аттач и переслать пользователю или удалить письмо насовсем. Письма с вирусами к конечному пользователю не доходят, и у него нет прав вытащить это письмо из карантина. В противном случае безопасность получается весьма мнимая.
Если письмо детектировано как спам, то оно тоже попадает в карантин, но можно настроить специальный доступ для пользователей через web-страницу, чтобы они могли сами свои письма из спама доставать. Смысл работы такой.
Если нужно что-то еще более глубокое, то опять придется переходить на более профессиональный продукт PM Exchange 3.0. В нем есть политики, с помощью которых задаются доп. правила обработки писем. Там при помощи этих политик можно настроить массу вещей.