На главной машине (сервер) установлен SBE 6.5.10
При попытке через центр управления установить защиту на других компьютерах антивирус устанавливается, работает, но в центре управления возле соответствующего компьютера стоят зелёные песочные часы. Соответственно централизованную конфигурацию применить не могу.. В чём может быть засада?

Какая версия консоли? 6.5.10 - это версия антивирусноо движка. Скорее всего, консоль не получает информации об агенте. Запущена ли служба Sophos Agent и Sophos Message Router?

Агент обновляется нормально?